Während der Blütezeit des Klosters im 15. Jahrhundert wurde von den Hausoberen eine Bibliothek eingerichtet, die dem Studium und der Ausbildung der Klosterangehörigen diente. Die erste grössere Büchersammlung geht auf Friedrich von Amberg († 1432) zurück, von der 18 Bände erhalten sind, weitere Bücher sind Conrad Grütsch († vor Oktober 1475) zu verdanken und vor allem dem Guardian Jean Jolly († 1510), aus dessen Besitz noch 31 Handschriften und zahlreiche Inkunabeln (Frühdrucke von 1450–1500) überliefert sind. Auf ihn geht auch die Einrichtung einer Buchbinderei zurück, in der von 1460 bis Ende des 16. Jahrhunderts Franziskaner arbeiteten.
Heute enthält die alte Bibliothek 90 mittelalterliche und etwa 100 nachmittelalterliche Handschriften, ausserdem 136 Inkunabeln und 80 Postinkunabeln (Drucke von 1500–1550). Diese Sammlung ist ein bedeutendes Beispiel – in der Schweiz und Europa – für eine Bibliothek in einem Bettelordenskloster und gibt Kunde vom jeweiligen Stand der philosophischen und theologischen Literatur.
Die sogenannte Grosse Konventsbibliothek umfasst rund 35’000 Bände vom 16. bis ins 20. Jahrhundert.
Archive im Franziskanerkloster siehe Link: Archive
Archiv und Bibliothek sind im Mai 2014 in den neugebauten Kulturgüterschutzraum neben dem Haus Père Girard umgezogen. Für die Benutzer steht ein moderner Lesesaal zur Verfügung.
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