Seit 2005 digitalisiert e-codices Handschriften aus allen Landesteilen der Schweiz. Als „Virtuelle Handschriftenbibliothek der Schweiz“ bietet e-codices freien Zugang zu mittelalterlichen und neuzeitlichen Handschriften aus öffentlichen und kirchlichen, aber auch aus zahlreichen Privatsammlungen.
Das Franziskanerkloster arbeitet seit 2007 mit e-codices zusammen, regelmässig werden ausgewählte mittelalterliche Handschriftenbände digitalisiert. Bis jetzt wurden 33 Bände digitalisiert und publiziert. Längerfristig sollen alle mittelalterlichen Handschriftenbände digitalisiert werden. Dadurch wird die Benutzung des Handschriftenkatalogs des Franziskanerklosters erleichtert. Dem Franziskanerkloster bietet sich dadurch eine Vitrine, um seine schönsten Handschriften vorzustellen. Dieses Mal, die wohl älteste Handschrift des Klosters!
Mit dem Update von August 2026 wurden vier neue Handschriften publiziert. Ms 1, ein vermutlich aus dem Berner Raum stammendes grossformatiges Psalterium für franziskanischen Gebrauch, kann in das letzte Viertel des 15. Jahrhunderts datiert werden . Der reichhaltige Buchschmuck besteht aus blau-roten Initialen mit Fleuronné sowie aus kadellenartigen schwarzen Initialen mit rotlippigen Profilfratzen. Der mit weissem Leder bezogene Holzdeckeleinband stammt aus dem 15. Jahrhundert.
Ms 5, die vermutlich älteste Handschrift des Franziskanerklosters, enthält das Decretum Gratiani, ein Hauptwerk des kanonischen Rechts des Mittelalters. Der Band entstand in Bologna in der 1. Hälfte des 13. Jahrhunderts. Urkundenfragmente des 15. Jahrhunderts im Spiegel des Einbands verweisen auf die neue Heimatstadt Freiburg. Gotischer, in Rot und Blau ausgestalteter Buchschmuck mit stabartigen Gehängen und „Pusteköpfen“. Mit braunem Leder überzogener ehemaliger Kettenband des 15. Jahrhunderts.
Ms 43 ist eine in Strassburg entstandene Studienhandschrift von der Hand des aus Basel stammenden Franziskaners Conrad Grütsch (Guardian im Franziskanerkloster Freiburg 1452, 1453). Der Band enthält sprachphilosophische und metaphysische Schriften. An den meisten Initialen und Lombarden befinden sich nachträglich angebrachte Binnenfeldverzierungen, die stellenweise mit Gesichtern im Profil versehen sind. Mit dunkelbraunem Leder bezogener ehemaliger Kettenband aus der Werkstatt des Rolet Stoss im Franziskanerkloster Freiburg.
Der letzte veröffentlichte Band, Ms 61, ist ein Sammelband mit Studienmaterialien, geschrieben bzw. erworben von Jean Joly (Guardian im Franziskanerkloster Freiburg 1467-1469, 1472-1478, 1481-1510) während dessen Studienaufenthalt in Strassburg in den 1460er Jahren. Er enthält Predigten, Exempla, Materialien zur Beichte sowie Johannes Buridans Quaestionen zur Aristotelischen Physik und mehrere komputistische Tafeln. Mit dunkelbraunem Leder bezogener ehemaliger Kettenband aus der Werkstatt des Rolet Stoss im Franziskanerkloster Freiburg.
