Seit 2005 digitalisiert e-codices Handschriften aus allen Landesteilen der Schweiz. Als „Virtuelle Handschriftenbibliothek der Schweiz“ bietet e-codices freien Zugang zu mittelalterlichen und neuzeitlichen Handschriften aus öffentlichen und kirchlichen, aber auch aus zahlreichen Privatsammlungen.
Das Franziskanerkloster arbeitet seit 2007 mit e-codices zusammen, regelmässig werden ausgewählte mittelalterliche Handschriftenbände digitalisiert. Bis jetzt wurden 29 Bände digitalisiert und publiziert. Längerfristig sollen alle mittelalterlichen Handschriftenbände digitalisiert werden. Dadurch wird die Benutzung des Handschriftenkatalogs des Franziskanerklosters erleichtert.
Mit dem Update von Dezember 2025 wurden drei neue Handschriften publiziert. Die Handschrift Ms 3, ist eine aus dem südwestdeutschen Raum stammende franziskanische Choralhandschrift aus der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts. Sie ist mit reichhaltigem, dem Oberrheinischen Initialstil entsprechendem Buchschmuck verziert: Grosse Initialen mit flächenfüllendem Fleuronné und Fabeltier-Medaillons. Der Einband besteht aus einem mit dunkelbraunem Leder bezogenen Holzdeckeleinband des 18. Jahrhunderts.
DIe Handschrift Ms 37, ein Sammelband mit Studienmaterialien, wurde grösstenteils von Jean Joly (Guardian im Franziskanerkloster Freiburg 1467-1469, 1472-1478, 1481-1510) während dessen Studienaufenthalt in Avignon geschrieben. Der Band enthält neben zahlreichen Studientexten des Jean Joly Schriften der Franziskaner Johannes de Fontanellis und Matthäus von Acquasparta. Der mit braunem Leder bezogene Holzdeckeleinband stammt aus der Werkstatt des Rolet Stoss im Franziskanerkloster Freiburg und wurde 2020 restauriert.
Bei der Handschrift Ms 95 handelt es sich um einen durch Friedrich von Amberg (Guardian im Franziskanerkloster Freiburg, † 1432) aus verschiedenen, unabhängig voneinander entstandenen Teilen zusammengestellten und mit Reklamanten versehenen Sammelband. Der in zehn Teile gegliederte Band enthält neben Predigtmaterialien u.a. Auszüge aus der Summa de vitiis des Wilhelm Peraldus (Teil 4), den Rationes XIV ad proficiendum in virtute des Ludolph von Sachsen (Teil 5), der Moralia des Franciscus de Maironis (Teil 7) und der Sermones de sanctis des Engelbert von Köln (Teil 10). Spiegel- und Nachsatzblatt aus Pergament, wohl zugunsten der Franziskaner ausgestelltes Testament aus dem 15. Jahrhundert. Mehrere Falzverstärkungen aus Pergament, darunter Fragmente einer kommentierten Handschrift des 13./14. Jhs., eines Grammatiktraktats des 14. Jhs. und einer Urkunde des 14. Jhs. 2021 restaurierter, mit stark abgeriebenem Leder bezogener Kettenband.
